La Chiesa di San Francesco viene costruita nel 1695, dopo la demolizione della precedente chiesa romanica. Un’altra trasformazione avviene con il restauro del XIX secolo, quando la Compagnia della Misericordia si trasferisce nella chiesa. L’altare maggiore viene rimodellato con forme barocche e sulla pala d’altare viene posta la tela della Madonna della Misericordia. La facciata della chiesa contiene alcuni dettagli in stile gotico.

Accanto alla chiesa di San Francesco si trova il convento dei Francescani. Questi si stabilirono qui nel 1259, di fianco alla chiesa romanica.
L’interno del chiostro è oggi privato, benché in parte ricostruito conserva le colonne e le volte ad arco.
Come riportato dal biografo Tomaso da Celano, San Francesco sostò a Orte per quindici giorni, dopo aver ricevuto il sigillo di Innocenzo III.

Durante il restauro del 1981 viene trovata la cripta, nascosta dopo la demolizione della chiesa precedente dedicata a Sant’Angelo. È formata da volte ad archi con crociera di tufo, un lavoro di grande maestria che ci lascia intuire la bellezza dell’edificio romanico a cui apparteneva.

La Chiesa di San Francesco è solo uno dei tanti luoghi di culto di Orte. Guarda la bellezza delle opere religiose contenute nel Museo d'Arte Sacra!